Knjižnica posjeduje bogatu zbirku starih knjiga i rukopisa, većinom filozofsko-teološke tematike

Knjižnica posjeduje zbirku od oko 10.000 knjiga iz područja povijesti umjetnosti, kulturne povijesti, arheologije, etnologije), oko 400 naslova periodike

MDC je svojim zbirkama i građom te uslugama otvoren stručnoj muzejskoj zajednici, postdplomantima, studentima, učenicima, istraživačima i znanstvenicima, novinarima, kolekcionarima, ljubiteljima i proučavateljima umjetnosti, arheologije, etnologije, numizmatike i drugih muzeologiji srodnih znanosti te svim drugim zainteresiranim korisnicima.

Jedna od najvećih zbirki građe iz područja moderne i suvremene umjetnosti u Hrvatskoj.

Jedna je od najstarijih specijalnih knjižnica za umjetnost i umjetnički obrt u Europi, fond od oko 60 000 svezaka

Knjižnični fond tematski je usmjeren na srednji vijek, broji oko 6000 knjiga.

Knjižnicu sačinjavaju tri odjelske knjižnice: knjižnica Zoološkog i Botaničkog odjela, knjižnica Geološko-paleontološkog odjela, te knjižnica Mineraloško-petrografskog odjela. Knjižnica je otvorenog tipa.